Какой сервер нужно указывать в записи «NS» при настройке DNS?

Получается, что сейчас трафик приходит на DNS сервер регистратора домена, перенаправляется на DNS manager pointhq.com а там уже либо на один хостинг либо на другой.

Смешались в кучу, кони, люди....
Трафик направляется на IP адрес вашего сервера! DNS тут вообще ни при чем.
DNS лишь сообщает какой IP адрес у вашего сервера, и ничего более, и уж никак не принимает, и не перенаправляет ваш трафик!

Если вы хотите защитится от DDOS вам нужно либо воспользоваться услугами CDN-сервиса, который будет пропускать через себя ваш трафик и направлять куда нужно, либо самому контролировать доступность своих серверов, и динамически менять IP адрес возвращаемый по имени.

Т.е если вы хотите с помощью DNS сервиса pointhq.com изменять адрес возвращаемый по имени, то вам нужно у вашего регистратора домена указать в качестве NS сервера pointhq.com, а не наоборот.

На регистраторе указать нс, на котром прописана ваша зона. И нигде ничего кроме

У регистратора вы делегируется ответственность за работу вашего домена, выбранного вами. В данном случаи pointhq.com.

Те у регистратора прописываете dns1.pointhq.com. итд и ждете около суток делегирования. Когда все делегировалось, вы можете уже на pointhq.com сделать настройку записей днс. Только честно говоря мне он не понравился, рекомендую посмотреть в сторону dns.he.net

Теперь по поводу ddos, это в общем не как не спасет вас от ddos. Записи A в вашей днс зоне, могут распространяться до суток среди всех днс. Пусть у вас там будет и маленький таймаут. В вашем случаи, надо поднять HAproxy как балансер и что бы он в режиме RoundRobin перекидывал пользователей на разные сервера. Ну или воспользоватся CloudFare.