Как шифрованно бэкапить один Linux на другой?

tar => openssl aes-256-cbc -in my_backup.tar.gz -out my_backup.enc => scp ?

Ну эт так, как бы пробный шар предложения.
Я бы сделал так: по ssh идем на gentoo, цепляем пошифрованный диск, на ubuntu стартуем rsync.
Шифрованный диск будет недоступен без ключа.
Ключ валяется на ubuntu в месте, где есть доступ только root.

tar инкремент умеет. Ну а дальше openssl-ем уже.

Почитайте про шифрование разделов LUKS и монтирование через SSHFS (например тут и тут) На gentoo создаете физический раздел или lvm или контейнер. Конкретные примеры вам не посоветую, делал давновато, сейчас нет такой необходимости.
Но все было именно так:
Выделил себе раздел с LVM, зашифровал его.
Подключал шифрованный раздел через монтирование sshfs вводил ключ
Далее сгодится любой инструмент на вашей стороне.
У меня трудился еще scp (не был знаком с rsync - сейчас конечно без него никуда)
Можете делать или полный бэкап, или синхронизацию, или архивы, как напишите.
Можно еще пробовать создавать шифрованный контейнер и монтировать его если нет возможности делать разделы.

В конце-концов, подключил нужную директорию по NFS и лью бэкап на него с помощью duplicity и облегчающего жизнь скрипта.