Как реализовать раздельную область видимости а 1 сишнике?

Возможно конечно. Например, не делать переменную глобальной, а объявить ее в main и передавать указатели в две другие функции.

Не совсем понятно, что значит переменная должна работать с функциями. Возможно Вы имели ввиду, что переменная должна быть доступна из функций. Тогда решение в лоб:

функция1()
переменная
функция2()
функция3()

таким образом, функция2 и функция3 смогут работать с переменной, а функция1 - нет.

Но лучше сделать, как предложил GavriKos :

функция1()
функция2(переменная*)
функция3(переменная*)

таким образом от порядка объявления функций ничего не зависит, и Вы избавляетесь от возможных побочных эффектов в своей программе

область видимости в общем случае рассчитывается очень просто:
в N строчке видно всё, что написано в строчках от 0 до N - 1 ( с учетом уровней вложенности фигурных скобок )