$f=fopen($file, 'r');
$fcontent=fread($f); //нельзя загружать файл в память - он может не влезть или скрипт будет медленно работать
fclose($f);
$f=fopen($file, 'w');
fwrite($f, substr($fcontent, 0, -1));
fclose($f);
➜ /tmp ll foo.bar
-rw-rw-r-- 1 miraage miraage 87 Nov 25 17:47 foo.bar
➜ /tmp php -a
Interactive mode enabled
php > $size = filesize('foo.bar');
php > var_dump($size);
int(87)
php > $f = fopen('foo.bar', 'a+b');
php > ftruncate($f, $size - 1);
php > fclose($f);
php >
➜ /tmp ll foo.bar
-rw-rw-r-- 1 miraage miraage 86 Nov 25 17:48 foo.bar