Стоит ли мешать Golang с Js?

Нет. Сам подход с подстройкой под разные браузеры неверен. Браузеров тьма, настройки безопасности и ключи запуска и пользователей разные - все ситуации не предусмотреть.

Доступность необходимых фич можно определить только в браузере.
https://modernizr.com

node.js без их чокнутой виртуальной машины

Что? Как это относиться к вопросу?

а зачем? uglify + gzip + настроенное кеширование и оверхэд для пользователя от использования трансляторов/полифилов будет не так заметен (посмотрите статистику, сколько у вас пользователей этих "необычных" браузеров?).

А вот поддерживать все это выйдет на порядки дороже.

я вообще когда то думал сделать аналог node.js без их чокнутой виртуальной машины

и что? Дошли до мысли "это невозможно"? Без полной информации о типах (она может быть получена только в рантайме) вам так или иначе придется писать свою чекнутую виртуальную машину.

Если уж с go, то преимущества уменьшения ошибок при использовании статической типизации позволит реализовать gopherjs.
В остальном согласен с предыдущими ораторами: нужно делать в браузере.
Исключение только при написании своего парзера страниц с поддержкой js, но это уже без go, на phantomjs или т.п.