Clion использует CMake, поэтому для сборки проекта надо создать соответствующие CMake-файлы.
По-видимому надо проанализировать Makefile, разобраться какие библиотеки и исполняемые файлы создаются в проекте, и переписать все это на CMake.
Если под "комфортной работой" подразумевается только автодополнение. То можно обойтись созданием CMakeLists.txt с содержанием вида
cmake_minimum_required(VERSION 3.0)
add_executable(foo <список cpp файлов с которыми нужно работать>)
target_include_directories(foo PUBLIC <список директорий в которых лежат хидеры>)
Файлик положить в корень проекта и открыть CLion'ом. Компилировать придется через командную строку или другую IDE, но автодополнение должно работать.
Для подробностей по командам cmake сюда:
https://cmake.org/cmake/help/v3.0/command/target_i... 
