Бот на Microsoft Bot Framework может использовать и Скайп, и Телеграмм, и мейл?

Да

Да ессесна!

Для тех кто будет задаваться тем же вопросом - и да и нет.
В принципе оно работает, может использовать эти каналы связи, а так же к алгоритму обработки запросов можно костылями приделать другие каналы связи. Через direct канал можно подключить, скажем viber (вроде как).
Но пока (на май 2017 года), framework все еще в тестовой стадии и в промышленную эксплуатацию не идет. Есть недоработки которые неизвестно когда исправят. Например в Telegram бот может только ответить, не сможет сам уведомить юзера о событии. Это вроде как лечится костылями.
За универсальность приходится платить, в смысле функционалом. Боты native имеют больше фишек, тот же skype bot framework от того же Microsoft умеет больше, но это логично.