Как организовать разработку с системой контроля версий?

Локальная БД у разработчика — на нее изменения сам разработчик накатывает руками, а другие разработчики с помощью миграций.
БД на общем дев-сервере (если таковой есть) на который изменения накатываются миграциями
БД на продакт сервере — также накатываются миграции из master ветки.

Вам останется выбрать только удобный вам способ управления миграциями. Во многих фреймворках есть встроенные средства для миграций.

1. Для отслеживания изменений в БД несколькими разработчиками воспользуйтесь deltaSQL
2. Для управления проектами и исходниками очень советую купить лицензионную JIRA и Fisheye (цена на оба продукта $10 для 10 разработчиков)
3. Если по каким-то причинам п.2 не может быть реализован, то воспользуйтесь аналогичным сервисом bitbucket.org Он позволяет бесплатно открывать приватные репозитории. Сперва зарегистрируйтесь сами, а потом пришлите инвайты своим сотрудникам — это позволит увеличить число бесплатных пользователей, которые могут работать над вашими проектами.

Вообще, настройка воркфлоу это отдельная и сложная тема. Желательно, чтобы кто-то из сотрудников занимался этим процессом целенаправленно. Скажем, обновлять продакшн серверы должен специальный человек, который понимает, что он делает и, в случае чего, сможет исправить косяки, которые неизбежно будут случаться в процессе выхода новых версий.

ПС. Не в коем случае не ведите разработку на продакшн серверах! Все то же самое окружение можно настроить и под виндой.

Спасибо за ответы. Кое-что взял на вооружение. Сложновато, я все же менеджер )

Правильно ли я понимаю, что если команда работает над одним сайтом (у нас клиенты все с коммерческими CMS), то перед внесением изменений в сайт, разработчик должен забрать с dev сервера копию сайта к себе (установить на свой локальный сервер)?

Если да, то пока проблема в этом. Проекты все на dev сервере, и не хотят ставить локально сервер и забирать проект к себе вместе с БД и контентом. Другие варианты схемы работы могут быть?