Как правильно инициализировать uWSGI если он вызываемый объект находится в другой функции?

Зачем? Параметр --callable указывает на точку входа для uwsgi, зачем вам точку входа в функцию пихать?

JaxxDexx, так типа делать не надо? Это плохая идея?

beduin01, это плохая идея тем, что во втором своем примере, вы создаете локальную переменную, которую вы никак не сможете передать uwsgi. Вы конечно можете вызвать у функции main return и вернуть созданный app, но я чет сомневаюсь что uwsgi поймет это... но попробуйте