Если у вас используется сервер PHP 5.6 и выше, то нужно отправлять браузеру http-заголовок, в какой кодировке скрипт будет отдавать данные, в независимости в какой кодировке сам файл скрипта, и даже в том случае, если вы нормально отдаете HTML-структуру документа.
//установка кодировки вывода
header('Content-Type: text/html; charset=utf-8');
Если не знаете, в какой кодировке будут данные, то нужно идентифицировать кодировку, и вписать ее в header():
echo mb_detect_encoding(implode("\n", $output));
----------------------------
Кодировку подобрал для заголовка методом тыка, так как mb_detect_encoding() не вывел явного ответа.
У меня оказалась CP866:
header('Content-Type: text/html; charset=CP866');
$data = 'help';
exec(escapeshellcmd($data), $output, $return);
echo implode("<br>", $output)."<br>Return Code: ".$return;
Средний
