Как подключить внешний файл js в файл php?

По своему опыту скажу, что скрипты лучше подключать внизу, перед тегом</body>
Второй момент, если скрипт подключается внизу, обязательно нужно указать

window.onload = function(){
...
});

Или:

$ (document).ready(function () {
...
});

Если это библиотека-jquery
есть извращённый вариант, как в javascript вставлять переменные php, так делать только если вообще никаких других вариантов получить значение НЕ представляется возможным.
Пример:

...
var x = <?=$objekt;?>;
$('#box').attr('value', x);
...

Лучше так не делать. Вставлять javascript в php? Смотря какой и в каком виде, делайте проект через IDE, чтобы видеть что переменная используется и объявлена. Так же могут быть ошибки, если неправильно объявить переменную вида:
let x = $('input[name=phone]').val();
https://learn.javascript.ru/let-const
А вообще почитайте библию-javascript https://learn.javascript.ru/
И справочник по jQuery - https://jquery-docs.ru/
Так же очень полезный справочник по php - php.net/manual/ru/index.php
там могут даже пояснить, из-за чего может быть ошибка. Я не видел ваш код полностью, и не знаю, как вы что подключаете. Но думаю, теперь вы найдёте корень зла.

prntscr.com/jad830
изначально так и делал, но код не принимается, экранировал, но тогда на странице вообще ничего не отображается

KakNaZlo, нажмите в вашем браузере F12, выбирите вкладку "Console", или Консоль, смотря что за браузер и его зык, и пришлите ошибки в виде скриншота.

prntscr.com/jaomaj --- если не экранировать скрипт
prntscr.com/jaomoy --- если экранировать
prntscr.com/japdha --- если вынести код скрипта в отдельный файл и подключить его к странице