Можно ли воспроизводить сразу все аудио-дорожки в MPC-HC?

Очень странная задача. Для чего конкретно вам это нужно?

Moskus, у меня идёт запись с компа. Первая дорожка - звуки компа, вторая - микрофон

DTX, все равно непонятно, чего именно вы хотите добиться. Если вы записываете звуки компьютера и звуки с микрофона, то при чем тут плеер и две раздельные дорожки? Если вопрос в том, как все это воспроизводить, то возьмите и смикшируйте их в одну.

Moskus, GeForce Experience так записывает видео, что звук с компа и звук с микрофона находятся на двух разных дорожках. Я хочу воспроизводить эти файлы, чтобы было слышно и то и другое. Но хранить их в таком состоянии.

DTX, так и храните исходники отдельно. А для просмотра - смикшируйте. Вы усложняете себе жизнь.

Moskus, что значит смикшировать? Как мне быстренько посмотреть несколько видео подряд?

DTX, смикшировать - значит, объединить несколько дорожек в одну.
ffmpeg.org/ffmpeg-filters.html#amix например, вот так.