Ситуация выглядит как-то неправильно. Обычно либо стилями добиваются разного отображения на разных дисплеях – посмотрите, к примеру, Bootstrap – либо делают вообще отдельную разметку для мобилок и десктопов на разных поддоменах.
В вашем случае можно держать два дива, в одном меню для десктопа, в другом для мобилки, и только переключать видимость, в зависимости от ширины.
Ещё можно держать исходную разметку в невидимом теге <script type="template" id="sourceCode">. Скриптом копировать её оттуда, применять изменения и вставлять в DOM. При изменении размера, снова доставать нетронутую исходную разметку и переделывать под другую ширину.
