Нужно еще привязать к новому способу доставки методы оплаты и к методам оплаты соответствующий метод доставки. И если у вас вывод методов доставки в корзине или в оформлении заказа происходит автоматически по стандартным чанкам minishop2, то этого достаточно, новый метод сам встанет на нужное место.
