Используя Яндекс.Карты - никак, потому что, во-первых, у их API нет функций пространственных отношений, а во-вторых, они не предоставляют возможности скачать данные, которые созданы в конструкторе, в каком-либо стандартном картографическом формате.
Но вообще, задача имеет решение - вы можете рисовать свою схему на
geojson.io , экспортировать ее в Shape-файл, загрузить в базу SpatiaLite
https://www.gaia-gis.it/fossil/libspatialite/index (См. список базовых рецептов тут
www.gaia-gis.it/gaia-sins/spatialite-cookbook/inde... )
А дальше вам нужно, используя SQL, проверять пространственное отношение между точками и областями загруженной ранее геометрии
https://www.gaia-gis.it/spatialite-2.0/spatialite2... .
Простой
