Сделайте в .htaccess роутинг на свой скрипт insert_ad.php, которому в качестве параметра передаёте имя запрошенного html-файла:
RewriteRule ^(.*)$ insert_ad.php?file=$1 [L]
Скрипт читает файл, вставляет что надо куда надо, и вуа-ля — отдаёт клиенту вывод с рекламой.
if ( $file == '' ) $file = 'index.html';
$input = file_get_contents( $file );
$insert_this = '<div id=ad>...</div>'; // Например вставляем это
$marker_before = '</body>'; // перед вот этим
$position = strrpos( $input, $marker_before );
echo substr( $input, 0, $position ).$insert_this.substr( $input, $position );
Конечно сайт вместо статики стал динамическим со всеми вытекающими минусами. Поэтому если реклама не подсовывается динамически (одинакова для всех) или это статичные счётчики, то лучше как я писал в комментарии, перелопатить все файлы скриптом, сделав вставки, и сохранить их статически. Перелопачивать можно и раз в день, и раз 10 минут, наверное.
