От поставщика пришел отказ по одной позиции, мы проставляем отказ в заказе поставщику на эту позицию
Вы изменили документ, он изменен. Другие документы это не затронет.
но в заказе клиента эта позиция активна
Разумеется, куда же она денется.
Это нормальное поведение системы она ни в коем случае не будет менять никакие документы, хоть какие вы там изменения внесите.
как сделать так, что автоматически в заказе клиента эта позиция попадала в отказ
Обратиться в фирму франчайзи или найти программиста фриласера, написать ТЗ на создание требуемой функциональности, и оплатить доработку.
