Как знать какой из сайтов взломан?

0. Изучить логи. Действительно, запрос выше мог быть вызван вирусом, а мог и не быть. Но начать с этого сайта стоит.
1. Просмотреть дату изменения файлов и содержимое главных файлов. Дата часто меняется, но встроенный скрипт обнаружишь невооруженным глазом.
2. Просканировать все файлы сканером вроде AI-Bolit - он выявит внедренные вирусы.
3. Проверить внешний периметр - добавить все сайты в онлайн-сканеры вроде METASCAN или Detectify. Они быстро найдут подозрительные скрипты и дыры

/xxxx/sites/xxxxxxx.net/web/htdocs/logs/access:95.xxx.xx.xx

на это и ориентируйтесь. Похоже что каждый сайт в своём каталоге.

Один день бесплатно вроде.
https://virusdie.ru/