Каким образом платят налоги сайты, принимающие платежи через агрегатора?

Сайты не платят налоги.
Поэтому вообще пофиг где и что там хостится.
Платят или физ. лица или юр. лица страны к которой они принадлежат.

Если вы как физ. лицо получаете платежи, то можно забить в целом на налоги.
Но если вы таки честный, то заполняете декларацию 3-ндфл(если речь про россию) и подаёте в налоговую.

Если вы юр.лицо, то этим занимается бухгалтер как правило.
Ну и высчитываются налоги от сумм поступивших на РС юр. лица. Естественно там уже никаких комиссий агрегатора или каких-либо еще никак не может быть.

Каким образом платят налоги сайты, принимающие платежи через агрегатора?

Сайты налоги не платят!
Налог платят либо физлицо( человек), либо юрлицо (организованная и зарегистрированная группа людей).
Больше никто.
Инструменты вроде сайтов, холодильников, лопат, и серверов налоги не платят!

Налогоплательщики как правило платят налоги в стране проживания. Так же они платят налоги в той стране, где ведут коммерческую деятельность.
Чтобы точно сказать кому и где надо смотреть законодательство конкретных стран, гражданство, место проживания и место ведения деятельности конкретного налогоплательщика. Там много нюансов.

Хостинг и домен и промежуточные агрегаторы никого не волнуют.

Вопрос только в том как вы физически получаете деньги.
Если скажем, агрегатор вам перечисляет на банковский счет в РФ, то это сугубо российская бухгалтерия.