Кликабельная ссылка в тексте, с подрезкой длинных ссылок?

Может достаточно будет просто подставить в CSS того блока, где располагаются ссылки, следующие свойства:

overflow: hidden;
text-overflow: ellipsis;

и ничего не будет вылазить за разметку.

Через регулярки вы никак не обрежете. Нужно сначала получать данные, а потом уже обрезать их средствами PHP:

function linkes($text) {
    preg_match('/(^|[\n ])([\w]*?)((ht|f)tp(s)?:\/\/[\w]+[^ \"\n\r\t<,]*)/is', $text, $m);
    return $m[1] . $m[2] . '<a target="_blank" href="' . $m[3] . '" >' . substr($m[3], 0, 40) . '</a>';
}

Средствами css, либо обрезать длинные ссылки, например, с уходом в полупрозрачность. Либо просто переносить их.