Почему Android studio некорректно отображает исходники?

В один прекрасный день открываю проект в Android Studio 3.4, а там R класс не сгенерировался. Ну, думаю, бывает. Пробую Clean Project, Rebuild Project, Sync Project with Gradle Files, Sync with File System, Invalidate Caches and Restart, но они не помогают. Как и ручное удаление папок .idea и build.

Затем полез в AndroidManifest.xml, а там какая-то каша - вместо манифеста куски из gradle.build, а в gradle.build куски кода из файлов автогенерации... К ужасу обнаружил, что в исходниках посреди кода также присутствуют куски кода из других gradle файлов. Ужас ушел, когда я посмотрел исходники через блокнот - там все чисто и на месте.

Стало очень интересно, что приключилось со Студией, и как это исправить?