Какие есть средства для автоматизированной визуализации карты метро/автобусных/трамвайных маршрутов?

Нет таких средств визуализации, есть векторные графические редакторы, в которых схемы рисуются вручную.

инфографика обычно отличается сильным искажением географических реалий в угоду информативности.
так что картинки наподобии представленной по ссылке рисуются от руки в векторном граф.редакторе.
автоматических генераторов не существует, или как минимум они обладают некислым ИИ.

Немного не понял, что значит не накладывались?
Вы хотите интерактивную карту, чтобы имеющиеся у вас данные дорог отображались во всех масштабах без упрощения/ слияния?
Если так, это делается средствами картографии. Настройками генерализации. Сделать стиль поможет картограф. Как средство автоматической визуализации для web посмотрите ArcGis Server.