List c# нужно найти не одинаковые элементы, как это сделать?

Думаю подойдет Except:
var diff = current.Except(expected);

Это выдаст элементы из current, которых нет в expected.

Можно так же и в обе стороны, чтобы получить элементы которые не пересекаются из обоих списоков:

var diff = current.Except(expected).Union(expected.Except(current));

Если для сравнения элементов нужна какая-то особая логика, то нужно будет так же внедрить IEqualityComparer и передавать аргументом в Except.