Раньше можно было использовать SkypeKit:
https://support.skype.com/en/faq/FA12322/what-is-s... , но он больше не поддерживается (зарегистрироваться нельзя). Ломаную версию, которая гуляет в интернете, ни в коем случае не используйте - можете схлопотать вечный бан по IP.
Теперь можно только придумывать свои велосипеды. Можно, допустим, поднять виртуальную машину, на ней Skype + Skype4com + свой транспорт для общения. Я такое делал, используя WCF. Но учтите, что и сам Skype4com - довольно капризная штучка.
А просто и "из коробки" этого сделать точно нельзя.
