Нашёл решение этой проблемы!
Нужно просто ставить mtproto proxy на 1194 или на 51820 порт.
Проблема была в том, что yota видела что трафик зашифрован и представляет собой что-то непонятное (это защита от некоторых vpn и торрентов видимо) и снижало скорость почти до нуля. А на 1194 порту она не смотрит трафик, т.к. на нём почти все vpn.
