Вероятнее всего проблема связана с тем как компилятор Си упаковывает структуры.

Пока действия происходят внутри сишного кода это не так важно. Но если структура используется для хранения данных в каком нибудь строгом формате следования байтов, или же не явно используется извне, это уже вызывает проблемы.

Подробнее:
https://m.habr.com/ru/post/142662/

PS: Сам задал вопрос, сам ответил. Помечать ответ не буду, как-то не красиво получается, да и я не уверен что я прав. Но мне вроде помогло, используя знания из ссылочки выше, смог сделать работающий костыль ( удача? ).