100% точный никто не ответит.
Работаю в digital агентстве и мы не замечали корреляции между скрытым и не скрытым меню если это сделано как часть интерфейса. Робот в любом случае проходится по разметке и видит эти элементы в верстке.
Больше влияют поведенческие в данном случае.

Забавно, что вы об этом спросили, т.к. на прошлой неделе было обсуждение по этому поводу)

Что базово нужно изучить далее для ускорения верстки:
- шаблонизатор обязателен для изучения. twig, pug, blade все зависит от задач.
- gulp или webpack обязателен для изучения и внедрения.
- как писали выше, sass или less в качестве препроцессора
Если будут еще вопросы, пиши. Попробую подсказать. Слишком общий вопрос)

1) В css создаете класс (например animate-me)
2) на него навешиваете Вашу анимацию

.animate-me {
animation: animName 1s ease;
}

3) Вешаем событие на клик

$(document).ready(function () {
    $(".block").click(function () {
        $(this).toggleClass('animate-me');
    });    
});