Почитав код, я не увидел там ключа, определяющего периодичность записи. Есть ли там такой ключ или возможно ли его туда добавить, хотя бы просто грубо внеся паузу в исполнение всего скрипта?

def do_activate ...
    self.shell_player.connect('elapsed-changed', self.elapsed_changed)

Здесь плагин подписывается на сигнал об изменении позиции, что происходит каждую секунду. Соответственно вызов elapsed_changed тоже будет происходить каждую секунду. Простой sleep здесь скорее всего не поможет, т.к. плеер должен дергать функции по сигналам неблокирующим образом.

Я бы попробовал переделать elapsed_changed таким образом:

def elapsed_changed(self, player, entry, data=None):
    try:
        pb_time = self.shell_player.get_playing_time()[1]
        if pb_time % 5 == 0:
            self.playback_time = self.shell_player.get_playing_time()[1]
    except:
        pass

в этом случае позиция фиксируется каждую 5-ю секунду