man git-config
core.excludesFile
In addition to .gitignore (per-directory) and .git/info/exclude, Git looks into this file for patterns of files which are not meant to be tracked. "~/" is expanded to the
value of $HOME and "~user/" to the specified user’s home directory. Its default value is $XDG_CONFIG_HOME/git/ignore. If $XDG_CONFIG_HOME is either not set or empty,
$HOME/.config/git/ignore is used instead. See gitignore(5).


из чего, кстати, следует, что .gitignore к тому же учитывается в каждом каталоге проекта

если эти патчи применялись один за другим, то и накатывать их надо так же (спасибо, кэп) )))
если же каждый их эти стопицот патчей делались на "ванильные" исходники - то вряд ли получится слить из "просто так"
однако, я бы попробовал такой вариант:
засунул бы каждый патч в свою ветку git (samba же там уже живёт?), и слил все ветки вместе - на выходе должно получиться искомое, если обойдётся без конфликтов ))
Git более умно применяет патчи, он не ориентируется на НОМЕРА строк, как это делает patch, он ориентируется на КОНТЕКСТ патча (все эти строчки ДО и ПОСЛЕ изменений; из-за этого, кстати, у меня один раз была бага при слиянии )) )