файлы миграций в игнор у всех,кроме тим-лида группы или какого-то одного человека из команды. а остальные на своем локальном компе будет восстанавливать структуру БД по моделям при работе с со своей локальной веткой.
а суть от них будет при работе с веткой-мастером, в котором будет только код для прода, который собирает тот единственный.
вижу только какой-то такой вариант.
P.S. вопрос актуален, у самого скоро может возникнуть такая проблема на проекте