Стоит также обратить внимание на то, в каком формате сервер возвращает данные, по умолчанию pjax ждет html для замены. Если сервер возвращает что-то другое (например пустой документ), то страница просто будет перезагружаться.

Сервер приложений, на сколько я знаю, это общее наименование среднего звена в трехуровневой клиент-серверной архитектуре ( Клиент -> Сервер Приложений -> Сервер БД ).
1. Клиент - графическая/интерфейсная часть.
2. Сервер приложений - программа реализующая какую-то часть (большую или меньшую) логики.
3. Сервер БД - управление данными и транзакциями.
Отсюда вывод, Apache httpd + ( php | perl | jetty ) и Apache Tomcat, являются серверами приложений, так как выполняют свою роль, посредника между клиентом и сервером БД.

Собственно тут стоит обратить внимание на то, зачем вообще было введено понятие сервера приложений, какие задачи он решает, понять так сказать его сущность, через его функции =)

в репе --bare нельзя работать, у нее нет рабочего дерева. Сделано так специально, чтобы нельзя было вносить изменения напрямую в общую репу на сервере

Опишу то, что мне помогло с данной ошибкой.
Моя ситуация: нужен php-fpm, установлена ubuntu 10, в apt репозиториях php5-fpm нет ( в 14 есть, но там 5.5.9, что тоже не айс ), есть вариант добавить сторонний репозиторий, но решил я cобрать из исходников. В итоге аналогичная проблема с pdo -could not find driver. ( Есть подозрение что при сборки что-то не так сконфигурировал.) Помогла  банальная установка из apt-get php5-mysql .