При установке выбираете manual partition, выбираете sda3 как точку монтирования для / (root), указываете, что нужно форматировать данный раздел. Другие разделы можете не трогать, а можете примонтировать куда-нибудь в /mnt (например, sda4 в /mnt/data/). Просто не нужно менять файловую систему раздела или форматировать раздел, и всё будет в порядке :)

У меня дружно сосуществуют win, mint, kali и общий раздел с данными, так что проблем быть не должно. Хотя в любом случае данные лучше забэкапить. Если нет внешнего харда, лучше в облако на mega или mail.

Можно начать с zero security A от компании Pentestit. Стоит денег, зато будут пинать и консультировать по любым вопросам. Курсы, конечно, совсем для новичков. Если хотите заранее посмотреть, как выглядит материал, его несложно найти на всяких форумах и торрентах.
Если интересует более качественный и бесплатный материал, на youtube полно различных курсов. Например, рекомендую secsem от МГУ (к слову, они на этой неделе победили в Volga CTF). При таком подходе, однако, Вас никто не будет консультировать по интересующим вопросам. Но ведь Вас не забанили в гугле, правда? ;)