Первая проблема - отсутствие нормального технического задания (ТЗ). Если там всё прописано по пунктам, спорных моментов практически не возникает, или их достаточно просто решить. Например, если изначально оговорена возможность правки SEO настроек сайта, а в финальном варианте самодельного движка такой функциональности нет, то это грубая ошибка разработчика и он несёт ответственность. В противном случае - это реализуется за отдельные деньги, с составлением нового ТЗ.

Второй аспект - это оправданность применения самодельного движка в разработке. На мой взгляд, есть только два случая, когда это действительно имеет смысл:

1. Если агенство (или просто команда) по созданию сайтов под ключ с помощью своего движка хочет ускорить и упростить технологический процесс для своих разработчиков, при этом полностью удовлетворяя потребности заказчиков в функционале.
   
2. Если проект делает один человек full stack, и в дальнейшем поддержка сайта будет полностью на нём.
   

А вообще, фрилансеру, который делает сайты в одиночку, нужно быть готовым к возникновению подобных спорных ситуаций. Это неизбежно и обусловлено тем, что заказчики, как правило, не имеют чёткого представления о том, как устроен сайт, какие есть нюансы в его разработке, поддержке и расширении функционала. И даже порой сами не знают, чего хотят, и зачем им всё это нужно.