В my.cnf нужно добавить:

[mysqld]
...
slow_query_log = 1
slow_query_log_file = /var/log/mysql/slow.log
long_query_time = 10
log_queries_not_using_indexes = YES
log_slow_admin_statements = YES

• long_query_time - время выполнения заброса в секундах
  
• log_queries_not_using_indexes - запросы по столбцам без индексов
  
• log_slow_filter - дополнительный фильтр по типам медленных запросов (не всегда и не везде доступен)
  
• log_slow_admin_statements - логировать административные запросы
  
  

mysqldumpslow утилита для удобного просмотра логов, запускается локально там же где установлен mysql (параметры в запросе подменяются на символ 'S' если запустить с ключом -a то будет всё как в исходном запросе )

Универсальная CMS на которой и блог и ИМ и соц.сеть собрать можно, по определению не может быть "быстрой". Нужна скорость ищите профильные платформы. Нужна универсальность смиритесь с недостатками. Рекомендую присмотреться к drupal, если его правильно готовить с нагрузкой проблем быть недолжно.

mmap - что то вроде файла в оперативной памяти (memory-mapped files) вот исходники

Подскажите пожалуйста, а где при дефолтной схеме (mmap) хранятся кэшированные данные?

В оперативной памяти.

Дело в том, что объем потребляемой памяти процессами apache никак не меняется, даже когда в кэше уже более 500 Мб данных.

Память выделяется одним большим куском при старте php. У вас 500Мб использована из доступного объема.

Drupal с такой планируемой посещаемостью подойдет только в одном случаи: вы найдете команду которая будет его использовать не как CMS а как CMF со всеми вытекающими. Из плюсов - возможность быстро/недорого запустить прототип (2 месяца/$10К) из минусов пропорционально посещаемость будет расти сложность оптимизации под нагрузку. У меня был опыт, вот тут подробнее.

RoR - не рекомендую из-за перегретого рынка труда, специалист на фултайм будет стоить ровно в два раза дороже по сравнению php/Drupal.

Phalcon - невероятно быстрый но по сути вещь в себе. Если что то пойдет не так нужно будет искать С кодера которого придется интегрировать в команду.

Symfony2/Yii - неплохой выбор.