Какую HW конфигурацию выбрать для сервера?

Ответьте сами на вопрос: что именно вас не устраивает в текущей конфигурации? Если все устраивает, то менять смысла нет.
Тем более что сейчас гораздо легче найти ddr3.

Хотя бы из-за памяти стоит.

Думаю что стоит.

Нет. Менять на старье какой смысл? ну будет немного шустрее в паралельном выполнении задач, из за 4 -х ядер которые чуть медленнее?
Тут не поянтно будет ли заметно вообще что-то. Если в память есть упор то может быть, но речь не понятно про что. Память копейки стоит, докупить проще. Перенос сервера вам сутки двое неделя отладки другая на более старую платформу.