При клонирования репозитория, клонируется только master ветка. Почему?

Нет, клонируются все удалённые ветки. Просто они имеют префикс origin/удалённая_ветка А вот отслеживаемой становится только ветка master -> origin/master.
Для того, чтобы сделать ещё одну отслеживаемую ветку - переключитесь на удалённую и выполните создание локальной ветки. Всё это можно сделать одной командой:

git checkout --track -b local_branch_name origin/remote_branch_name

Где local_branch_name - имя создаваемой ветки, origin/remote_branch_name - полное имя удалённой ветки; local_branch_name для удобства можно назвать одинаково с remote_branch_name. После выполнения команды у вас появится ветка local_branch_name, которая будет отслеживать ветку remote_branch_name на сервере.

А зачем это нужно? Сделайте checkout на эту ветку и все. Если хочется посмотреть их список git branch -r
Ну и отвечая на вопрос почему - потому что так устроен git. У вас есть удаленные репозитории и локальный репозиторий. Так вот удаленный репозиторий по умолчанию (orign), ничем не отличается от прочих. Вы можете их свободно добавить и работать с ними (подтягивать от туда ветки, коммиты). А самое главное у каждой ветки и каждого коммита есть несколько состояний, ветка может быть только локальной, может быть синхронизирована с сервером, а может и отставать от сервера, или обгонять его.