Kohana vs Yii vs ...? Какой фреймворк способен максимально эффективно использовать ресурсы сервера?

Перед тем, как оптимизировать, нужно понять, что оптимизировать. Количество образщений в секунду, какие операции с базой выполняются, необходимый процент надежности... У вас же синдром преждевременной оптимизации.

В 80% случаев все решается индексацией базы, правильным применением движков таблиц, мемкешем\редисом. В этом все популярные фреймворки должны быть на одном уровне. В другом - вы не определитесь, пока не будет четких требований.

А так, да, всегда хочется взять Node.js. И немножечко jQuery

Вы не о том думаете. Нужно решать поставленную задачу, а не рассуждать "вот когда придет 100500 юзеров..."

Ищем класс сначала в апликэйшен потом в сустем, потом по подпапкам и т.д.

Современные php-приложения используют composer и у него есть встроенное решение этой проблемы.

kohana врядли хороший выбор, берите быстро развивающиеся фреймворки с большим коммьюнити: symfony, laravel, yii 2.

Symfony2 так как дешевле купить еще пару серверов нежели оплачивать оверхэд на поддержку самописной херни (оплачивать деньгами или, если вы все будете писать сами, своим временем). Архитектура приложения решает все же достаточно много. Узкие места можно написать на Go (Node.js все же для критичных мест я бы использовать не стал), можно не использовать ORM а обойтись Doctrine DBAL. Как вариант можно просто выкинуть PHP и писать на голом Hack.

Так же можно попробовать Phalcon, но я если честно его не трогал даже по причинам описанным выше. Можно еще потыкать ReactPHP как основу, но это уже повышает риски. Если вам нужна производительность и при этом не хочется писать говнокод, можно взять Silex и на его основе писать свой проект, со своей архитектурой...

Вообще можно неплохо утилизировать ресурсы сервера за счет грамотных настроек базы и подключением кешей.