В чем разница между xen-4.1 и XenServer 6.2?

Xen & XenServer это разные проекты. Читайте вот тут support.citrix.com/article/CTX137836

У меня стоял когда-то Xen 4.1, 4.2 и 4.3 на Ubuntu, не сказал бы что новые работали сильно быстрее или стабильнее, а ещё пришлось использовать xl команды вместо xm из-за того что изменился основной toolstack и старый не рекомендовался к использованию, некоторые команды в новом конфиге либо отсутствовали, либо работали совсем иначе. Было весело (есть подозрение, что это было связано с новеньким тогда восьмиядерным процессором от AMD).

А по поводу XenServer - это другой проект, да, хотя и включает в себя Xen как таковой, но вот ним не пользовался.

А не проще поставить чистый XenServer, чем городить огород

xen-4.1 (да и не важна версия) - это софт-гипервизор, ставится на линуксы (ну и на фбсд, емнип, в последнее время). Из альтернатив - виртуалбокс, например.
XenServer - готовый linux-дистрибутив с xen какой-то версии (может быть и 4.1, да) внутри.