Работа Vmware Hypervisor 5 с USB flash?

Это делается для экономии. Флешка стоит на порядок дешевле, чем два диска плюс рейд контроллер, особенно если сервер брендовый. У IBM в конфигураторе можно выбрать флешку специально для vSphere, поэтому насчет нештатности это вопрос.
Для серверов со своими винтами смысла ставить ESXi на флешку наверное нет. У нас на 4 серверах уже год как vSphere стоит на флешке. Все замечательно. В запасе лежит пара флешек с установленным гипервизором, и в случае выхода из строя флешки на одном из серверов всё восстанавливается в течение 10 минут.

PS: Без рейд-контроллера сервер загружается секунд на 15 быстрее :)

Загрузка ESXi с флешки это удобно. Устанавливаете на флешку, и затем подключаете и размечаете в vmfs винты или винты от другого хоста (в случае смерти предыдущего).
Как часто пишется информация можете прочесть у Михаила Михеева: www.vm4.ru/2011/09/write-on-esxi-boot-disk.html.
USB boot это «штатная фича». Взгляните, пожалуйста, на фрагментдокументации:

You use the ESXi CD/DVD or a USB flash drive to install the ESXi software onto a SAS, SATA, SCSI hard drive, or USB drive.

Кроме того, многие производители серверов продают их (сервера) с предустановленным esxi на флешке, об этом упоминается в setup guide (PDF).

Вам не стоит переживать за стабильность именно в этом аспекте.