Обычно начало разработки начинается с создания бандлов, если проект не большой - достаточно одного AppBundle, если большой - лучше дробить, потом проще будет ориентироваться + возможность повторного использования.
Далее обычно описывается модель (ORM). Про использование команды автогенерации гетеров/сеттеров - я бы не рекомендовал её использовать, т.к. у нас могут быть "свои" методы у entity. К тому же, любая IDE умеет генерировать гетеры/сеттеры автоматически.
После создаем контроллеры + настраиваем роутинг, по необходимости создаем репозитории/менеджеры. Парралельно создаем views, тут уже все должно быть понятно.
Если используете phpStorm ставьте плагины: Symfony2-plugin (незабываем настроить под проект и включить его), PHP Annotations и Symfony Clickable views. Все это сильно упростит разработку.
Если только учите Symfony, я бы посоветовал разобраться с основными подсистемами поглубже (там все очень гибко, но со старта может показаться чересчур сложно, но это так кажется). Начинаем с routing, контейнера-зависимостей, конфигурации, security, form (два последние самые сложные) и попорядку.
