Я больше по 2д. Вопрос не в чем, а как. Для 2д хорошо подходит Photoshop, но любой другой редактор тоже сойдет. Чтобы не терять в качестве сохраняете в png, a не в jpeg.
Для того, чтобы было проще анимировать есть пару подходов. Мой любимый - порезать изображение персонажа по частям. а потом собрать воедино в Юнити и анимировать в Mecanim движение этих частей относительно друг друга. Можно поискать что то типа Unity Bone Based Sprite Animation в Google, будет много хороших результатов. Для облегчения есть много разных ассетов, которые помогают организвать процесс анимации по частям.
Вот пример того, что понравилось:
https://www.youtube.com/watch?v=1Oyk-P-VzRM&hd=1 
