К сожалению не знаю такой программы, но могу посоветовать Process Monitor (http://technet.microsoft.com/en-us/sysinternals/bb896645) для тех случаев, когда какая-то программа не может нормально работать на машине, где не все установлено или не хватат прав администратора.
Старый добрый Regshot, оказывается, продолжает жить своей жизнью, сменив несколько разработчиков.
Программа сравнивает снимки реестра «до» и «после». Плюс, видно, добавили возможность следить за указанными директориями.
(Возможно, взамен успели что-нибудь выпилить. Тогда можно поискать в гугле и «классическую» версию.)
