Зачем модули?
Отдельно деплоить nginx.conf и все, что с ним в комплекте: mime.types, etc
В зависимости от группы деплоить разные conf.d
Также, предусмотреть возможность вносить изменения непосредственно в http. Либо include'ом либо переменной — составлять nginx.conf шаблонизатором на руби
Про mysql вообще не понятно. Там что много специфических параметров? В таком случае либо шаблонизатор либо в зависимости от переменной выдавать тот или иной my.cnf
В nginx просто деплойте новый конфиг или кусок конфига с апстримом + рестарт сервиса, зачем здесь модуль непонятно.
Добавлять, удалять юзеров и таблицы в mysql не работы nginx.
