Как отключить SSH и потом включить через PHP?

Для безопасности лучше всего иметь скрипт (на bash), который будет по таймеру смотреть наличие специального файлика или записи в базе, и соответствующим образом включать/выключать сервер. Таким образом, даже если PHP будет скомпрометирован, никуда больше злоумышленник не попадет.

Можете поступить по хардкору: удалять .ssh/authorised_keys для гостевого пользователя, через которого будет происходить авторизация. Саму авторизацию по паролю - запретить, порт sshd повесить на не стандартный. А по запросу - добавлять ключ этого пользователя. В такой ситуации sshd отключать нет смысла. + К тому настроить iptables на прием отправку только с доверенных ip

Просто отключая sshd вы с вероятностью 99% выстрелите себе в ногу разрывным патроном

Возможно что-то вроде:
shell_exec("service ssh stop")
shell_exec("service ssh start")
Правда, что делать с запросом рут-прав я не придумал.

Ещё можно Port Knocking: https://wiki.archlinux.org/index.php/Port_Knocking
Но не как основную защиту, а дополнительно к авторизации по ключу.

Сделайте доступ по IP, и ничего отключать не надо.