PHPStorm + GIT. Как настроить игнорирование?

Всем привет! Замотался с игнорированием файлов. Уже не вспомню, сколько выходных я убил на разбор. В общем. такая система:
Возникла необходимость создать тестовый подсайт и работать на нем. Я создал голый репозиторий на BitBucket и склонировал его в проект PHPStorm. В папку с проектом залил архив действующего сайта. Прежде чем делать первый коммит со всеми файлами я берусь настраивать .gitignore. После настройки я прописываю команду:
git add .
И, о чудо! GIT игнорирует добавление игнорируемых файлов. На радостях делаю первый коммит. Теперь вроде осталась самая малость - удалить счетчики и коды онлайн-чата, чтобы не напрягать яндекс и call-центр, а также подключить к серверу по SFTP и изменить конфиги. Однако, при редактировании файлов, которые я предварительно записал в игнор (и они даже не залиты в репозиторий), они помечаются как измененные и улетают при коммите в репозиторий.
И я заметил, что так со всеми файлами. Элементарно: в .gitignore имеется строчка:
.htaccess
И он не был залит при первом коммите. Однако, если я берусь его изменять, он помечается как измененный и улетает в репозиторий.
В чем беда? Неужели не имеется метода, чтобы в папке сайта были файлы, о которых не приходилось бы никогда париться, что они улетят в репозиторий? У меня проект подключен по SFTP к серверу, мне было бы удобно посылать через него даже картинки, но единственный выход, чтобы все это не попадало в репозиторий - это хранить в проекте исключительно те файлы, которые есть в репозитории и которые не влияют на работу основного сайта.