C# sqlite/NoSQL посоветуйте с выбором

А если сделать на местах нормальные базы, а перенос производить при помощи импорта экспорта, ливо штатными средствами СУБД или написать какие то свои механизмы.

а что вы скажите о Sql Server Compact Edition,
какова скорость записи/чтения?

stackoverflow.com/questions/5249240/sql-server-ce-4-0-performance-comparison

SQLITE работает быстро и на запись, и на чтение. Просто по умолчанию, каждая команда создает и коммитит свою транзакцию. Переход на групповую транзакцию и отложенный по таймауту коммит спасает дело.

Уважаемый оппонент, я вас понимаю, всем нравится sqlite, но я довольно внятно написал именно про время выполнения транзакций а не отдельных команд.

Я могу придумать тысячу и одно место применения sqlite, когда операции записи можно выполнять не заботясь о том, действительно ли они исполнены, чуть меньше — когда я могу назвать срок, в течении которого мне достаточно чтобы структура данных была не консистентна (отложенный коммит), но в общем случае мне выгоднее сменить бакенд на что то более быстрое, благо вариантов тьма, хоть тот же mysql embended.

p.s. для задач, когда записи редкие или отсутствуют — я бы первый рекомендовал sqlite, чтение реализовано вполне быстро (был проект, база доросла до 14гб, медленная последовательная запись и куча мелких поисковых запросов — одни только положительные впечатления)

в этом то и дело, что требуется
помимо этого, данных будет много
ещё один минус бинарного файла с сериализацией обьектов, в том что он очень легко может «поломаться», то и есть потом или копаться хекседитором, или забить на данные, что совсем будет плохо.