Как организовать хранение фалов на нём?
Я ничего не организовывал, стандартная организация вполне удобна (downloads + documents + ~ для остального)
Нужно ли ставить антивирус и если да, то какаой?
Нет, не нужно. Главное — не ставить ПО из левых источников, требующее рутового пароля.
Какие полезные программы стоит поставить?
Судя по вашему профилю, вы занимаетесь разработкой на PHP. Тогда вам нужны: виртуалка (Virtual BOX например) с Linux для dev-вебсервера с доступом по SSH, виртуалка с Windows для ИЕ, PHPStorm для OSX, Sequel pro или Navicat для обслуживания MYSQL баз. Для развлечений может пригодиться также VLC плеер, и набор кодеков Perian. Остальные плюшки разработчика доступны в терминале, в маке он поддерживает всё самое необходимое: vi, find, grep, nslookup, curl и т.д.
Как правильнее всего развернуть LAMP?
На виртуальной машине с линуксом. Засирать OSX не нужно, тем более что может потребоваться несколько версий конфигурации серверного ПО.
