Ubuntu 12.04 завершить обновление?

Рекомендую забрать через лайв-сиди все нужные конфиги и ставить начисто 12.04. Я один раз, кажется, 10.04 свежеустановленную обновлял и едва-едва задел, скорее коснулся SATA кабеля в открытом корпусе. Всё, машина ушла в ребут во время обновления и запускаться отказалась. В итоге переставил.

У вас не запускается загрузчик, или же возникает ошибка именно в процессе загрузки системы?

Если первое, то лечится liveCD + google(восстановление загрузчика).
Если второе, то можно попробовать liveCD -> chroot -> повторить попытку обновления. Тут либо получится обновится, либо обломится со словами, что что-то заблокировано и не могу. Если начинает ругаться — лезть в гугл по вопросу повторного запуска обновления.

Это рецепты, я не помню точных команд, но у меня тоже вырубало свет во время обновления, правда загрузилось нормально. Однако пришлось перезапускать обновления — занятие не слишком сложное (у меня с гуглением 2 часа ушло), но всяко лучше перспективы переустановки.

А у вас home на отдельном разделе? Если да, то просто выберите не форматировать его при установке. Где что должно лежать можно почитать, например, тут, нужные папки сохраните с LiveCD. Правда, куда разработчик решит положить конфиги, зависит только от него.

Загрузитесь с любого Live-CD дистрибутива, откройте терминал, смонтируйте ваш старый раздел с Ubuntu и скопируйте все необходимые конфиги. Практически всё, что вы настраивали в своём рабочем окружении находится в /home/. Можете скопировать прямо всю домашнюю ветку.
После установки Ubuntu замените весь домашний каталог (как правило, все системные bash-скрипты в домашней директории не меняются в Ubuntu от версии к версии; в крайнем случае, система сама допишет необходимые файлы или сообщит об их отсутствии) или просто скопируйте нужные вам конфиги из старой системы выборочно.

Загрузиться с чего-нибудь, сделать chroot в систему и попытаться дозавершить установку.

про базы данных в /var/db не стоит забывать