Как правильно хранить javascript?

Один jquery в header-e на практике никак не отражается на скорости сайта, вообще-то. Он скачивается один раз и закеширован у пользователя на всю оставшуюся жизнь. А если он еще и берется с CDN - может и один раз не скачиваться.
Имхо, тормоза могут быть в двух случаях: когда на всех страницах навалено всего, что хоть где-нибудь используется на сайте или когда локальные скрипты страницы дико неоптимальны. И то, и другое нужно переделывать, а не оптимизировать.
А прочие камлания типа запихивания скриптов в конец body - это попытки подпереть костылями то, что не сумел сделать по-человечески.

Adamos: Вы просто не понимаете, как работает браузер, видимо. Без JS пользователь увидит страницу, сможет прочитать контент. Все, что в head - блокирует парсинг и вывод DOM. Поэтому туда кладут стили. Стили должны подгрузиться до отображения DOM.

А может, я просто представляю, как сайты облегчают AJAX-ом, включая тот страшный javascript раньше, чем контент вообще запрошен? И этот механизм внезапно работает у пользователя быстрее, чем статика с загнанными в подвал скриптами?

Никита Гусаков: Ого как. А та же гугл-аналитика, загруженная в конце страницы, да еще и с defer - она вообще адекватная в итоге получаться будет? Ну там, статистика по времени загрузки страницы и всё такое?

Adamos: может быть знаете. Но это явно не относится к топикстартеру, у него статика и скрипты.

Anton Kuzmichev: гм, возможно вы и правы. Помимо этой статистики можно потерять статистику по отказам.

Adamos: если скрипт расположен на стороннем ресурсе и помещён в head. При медленной отдачи данного скрипта сторонним ресурсом, браузер не будет отрисовывать страницу, пока не закончит с ним.
Соответственно, размещая такие скрипты в низ страницы, пользователь увидит содержимое сайта до окончания его загрузки. Сталкивался с таким поведением, когда 2gis тупил с его картами. Скрипт отдавал, но очень долго. В итоге пользователи начинали говорить что наш сайт очень долго открывается.

Так я и не спорю с тем, что вытребеньки можно затыкать в задницу.
Вот только возводить это в принцип "весь джаваскрипт всегда нужно сваливать в подвал" не стоит. Ибо это далеко не аксиома.