Подобные методы защиты?

Стоит или нет - решать исключительно вам :-) Сразу вижу слабые места: передается исходник и в какой-то момент он будет расшифрован. Те кто его выловят в памяти скажут большое спасибо: им не нужно будет ничего декомпилировать :-) Захват сервера и подсовывание произвольного кода.

Если они пытаются защититься от декомпиляции лежащего на диске исходника, то это по моему мнению не имеет никакого смысла. Если у тебя есть доступ к машине, то абсолютно все равно, где брать код, с диска или с дампа памяти.
В итоге думаю так: Учитывая, что накладные расходы на передачу и рефлексию просто "ОГРОМНЫЕ", а реальной защиты нет, данный метод полная чушь собачья.

Примерно тоже самое делают PXE паковщики. Их расшифровывают, а net код еще проще декомпилировать.